Fondé en 1893, le FC Mulhouse est, après Le Havre AC, le deuxième plus ancien club du Football Français.

Dès 1932-33, le club haut-rhinois participe au Championnat de Division Nationale dans le groupe A. Le FCM finira à la 10ème place. La saison suivante, le FC Mulhouse se classe 3ème du groupe Nord de 2ème division et accède ainsi à l'élite.
1935 : 3ème de la Division 1, le FC Mulhouse possède dans ses rangs le troisième buteur, Wesselik.
1936 : 13ème
1937 : 16ème, le FC Mulhouse connaît alors la descente en D2 où il se classe successivement 15ème et 7ème en 1939.

Après la guerre, le club reprend part au championnat 1945-46 mais terminant à la dernière place, il rejoint les rangs de la division inférieure pour un long purgatoire qui prendre fin en 1970-71 qui voit le FC Mulhouse jouer dans le National - Open, pour finir 8ème du groupe Nord.

Le club s'enracine alors en D2 :
1972 : 8ème
1973 : 6ème
1974 : 10ème
1975 : 14ème



Mais rechute en 3ème division en 1976 pour deux saisons avant de remonter en 1978.
1979 : 13ème du groupe B
1980 : nouvelle relégation



A ce moment, André GOERIG accepte la présidence, nomme Daniel Bourgeois ex-pro de Sedan, Metz, Red Star, Paris FC au poste de directeur sportif et Eugène BATTMANN (ex-pro de Socahux et St-Dié) au poste d'entraineur.
1981 : 2ème du groupe Est, le FC Mulhouse profite du désistement de Vauban et remonte en D2.
15 juin 1981 : Création de la section professionnelle au sein d'une Société Anonyme d'Economie Mixte Sportive au capital de 1 MF réparti entre la Ville de Mulhouse (49%), le FCM Omnisport (35%) et différentes entreprises privées.

Juin 1982 : Accession en D1. Mais descente à l'issue de la première saison du club dans l'élite nationale.

1983-84 : Arrivé de Gérard BANIDE (entraîneur général) et de Georges PROST (entraîneur Centre de Formation). SIX, KIST, DESROUSSEAUX, BERNARDET arrivent au club mais l'amalgame ne se fait pas. Le FC Mulhouse termine 7ème à 15 points du champion, le FC Tours.



1984-85 : Raymond DOMENECH signe comme entraîneur-joueur au club. Arrivée de Max HILD comme responsable de la formation. Le FC Mulhouse échoue de peu pour le titre et se fait battre au dernier match des barrages par le Stade Rennais qui monte en D1.

1985-86 : Encore 2ème derrière le Racing Club de Paris, le FC Mulhouse échoue une nouvelle fois en barrage face à Nancy.

1986-87 : Nouvel échec en barrage pour le club alsacien qui avait terminé cette saison à la 3ème place.

1987-88 : 3ème du classement, la malédiction das barrages frappe encore. Le FC Mulhouse se voit barré pour l'ascension en D1 par Lyon.



1988-89 : Arrivé d'un nouvel entraîneur, Didier NOTHAUX. Le club termine 1er du groupe B devant Rennes, les nouveaux joueurs : Frank PRIOU, Serge JENNER, Nenad STOJKOVIC fêtent la remontée en D1.

1989-90 : Malgré les arrivées d'ANDRIEUX, SLISKOVIC, KRNCEVIC, SENCE et KALTZ, le FC Mulhouse retourne en D2.

1990-91 : Saison mouvementée. Départ de Jean Marc GUILLOU jusqu'alors Président. Robert DEWILDER qui avait succédé à Didier NOTHEAUX réussit à redresser la barre. Le club termine 10ème.
1991-92 : Arrivée de Jean François BOETSCH comme Président en cours de saison. Le club termine 11ème malgré les arrivées de Bobby MIHAILOV gardien international bulgare, de son compriote Gueorgui GUEORGUIEV et BOSSER.
1992-93 : Bernard GENGHINI devient entraîneur du FC Mulhouse. Une saison marquée par la tragique disparition de Frédéric JOHANSEN, grand espoir du club et n°10 de l'Equipe de France Espoirs. Le club termine 11ème et est repêché pour finalement participer à la Super D2 nouvellement créée. Yannick STOPYRA est le meilleur buteur du club (18 buts).
1993-94 : Le club se maintient (13ème) dans le premier championnat de Super D2 qui aura vu la plupart des équipes lutter jusqu'au bout pour bien figurer.
1994-95 : Le FC Mulhouse termine à la 14ème place du classement, il a effectué néanmoins un excellent parcours en Coupe de France (éliminé en quarts de finale à Metz (D1) 2-0). Le meilleur buteur du club, le brésillien CUCA (23 buts) est prêté pour un an à Saint-Etienne (D1) avec option d'achat pour les deux saisons suivantes. Le contrat de Bernard GENGHINI, arrivé à son terme, n'est pas renouvelé, Christian SARRAMAGNA, en provenance de Sedan, devient le nouvel entraîneur du club mulhousien.



1995-96 : A l'issue d'une saison mal engagée, le FC Mulhouse termine une nouvelle fois à la 14ème place du classement final et sauve sa place en D2 essentiellement grâce à un beau parcours durant les matchs retour. Une révélation : Laurent DAVID qui s'est imposé au poste de meneur de jeu à la place du bulgare Gueorgui GUEORGUIEV qui a quitté le club en cours de saison pour rejoindre son pays natal. A l'issue de la saison, Fréderic GARNY, jeune attaquant formé au FC Mulhouse et joueur d'avenir, est transféré au FC Sochaux.



1996-97 : Une saison riche en évènements de toutes sortes. Un tournant lors du match du 18 septembre contre Saint-Brieuc au stade de l'Ill et la défaite du FC Mulhouse. Ce revers scelle un début de saison raté pour le FC Mulhouse. Jean François BOETSCH président depuis octobre 1981, démissionne ainsi que deux autres membres du Comité Directeur. Dans les semaines qui suivent, Mars LEON, un jeune chef d'entreprise, lui succède, à la tête d'un équipe profondément renouvelée. Jean Marc BUTTERLIN, ex-chef du service des sports du journal l'Alsace devient Directeur Général du FC Mulhouse, Christian SARRAMAGNA quitte le club et est remplacé par Gilles BOURGES, ex-gardien du FC Mulhouse qui était jusqu'alors responsable du Centre de Formation. Très mal en point à la trêve (20 ème), le FC Mulhouse réalise alors un superbe parcours de janvier à mai 1997 (5ème au classment sur cette période) et sauve sa place en D2. Classement final : 12ème (meilleure place et meilleur total de points depuis la création de la Super D2). Eric COLLING, Alain REVERA, Philippe SIRVENT, David GUION, Marc WALTER quittent le club. Pierre Yves DAVID (Saint-Brieuc), Richard JEZIERSKY (Troyes), Dianbobo BLADE (Marseille), Zico TUMBA (Metz)... arrivent. Gilles BOURGES est confirmé dans ses fonctions d'entraîneur général et le retour de Lamine N'DIAYE à la tête de Centre de Formation est salué de toutes parts...



1997-98 : Après un excellent premier tiers de championnat qui le voit lutter avec les meilleurs, le FC Mulhouse termine les matches aller à la 9ème place avant de totalement s'effondrer durant les matches retour, Lamine N'DIAYE remplace Gilles BOURGES au poste d'entraîneur à 4 journées de la fin mais le mal est trop profond et le club est relégué en National. Lamine N'DIAYE devient entraîneur de l'équipe professionnelle à la tête d'un groupe de joueurs profondément remanié puisque les deux tiers de l'effectif de la saison quittent Mulhouse



1998-99 : Saison marquée par une succession d'événements conduisant à la sanction suprême un dépôt de bilan le 26 mai 1999 à 9h.
Lamine N'DIAYE assure l'entraînement de l'équipe Pro, Eugène BATTMANN celui du CFA 2 et Jacques BERTHOMMIER est appelé à des fonctions plus administratitives après le licenciement économique de Daniel BOURGEOIS, et Liliane BONFATTI, Paulette KUCK, Lucien GUNKEL, Jean Luc FOURNIER.
L'entrainement et l'effectif ont été perturbé, en début de saison, en raison de l'incertitude qui pesait sur la poursuite de l'activité et l'obtention du statut pro et aussi sur le recrutement tardif consécutif à cette incertitude.

Après un début de championnat modeste, éloigné de l'objectif de montée en D2, Lamine N'DIAYE décide d'arrêter sa fonction de responsable de l'équipe 1.
Eugème BATTMANN lui succède en décembre, Lamine retrouve le Centre de Formation. Pendant le même temps, le Président Marc LEON se retire de la présidence de la SAEMS pour des raisons de santé à la suite d'un accident cardiaque. Francis DAVERIO assure l'intérim de cette présidence.

Un groupe de personnes de l'association des commerçants de Marché de Mulhouse forment, en janvier, une association informelle "Mulhouse 2000" chargée de lancer une souscription auprès de 10000 entreprises et commençants afin de faire face aux difficultés financières croissantes et préparer le FC Mulhouse de l'an 2000.

En raison des résultats catastrophiques de l'équipe entraînée par Eugène BATTMANN (4 défaites consécutives à domicile) pendant cette campagne, la souscription est un échec.

Le 20 mai, après audition du Président Francis DAVERIO, la DNCG, refuse d'accorder, pour la saison 1999/2000, le renouvellement du statut pro.

Sportivement l'équipe 1 termine à la 15 ème place sur 19, le CFA 2 très dépendant des difficultés de l'équipe 1 à réussi une bonne 9ème place et a révélé plusieurs jeunes espoirs ou moins de 17 ans.
Par ailleurs l'équipe 1 a été éliminée de la Coupe de la Ligue au 1er tour, à Amiens et de la Coupe de France, au 7ème tour par le Paris FC.

Devant toutes les difficultés financières et sportives et en l'absence d'une entité capable de combler le déficit et d'apporter des asssurances pour la prochaine saison, le C.A. de la SAEMS, dans sa réunion du 21 mai 1999 à décidé un dépôt de bilan.
Francis DAVERIO et Maître Roger MEYER ont confirmé ce dépôt de bilan au tribunal de Commerce, ler mercredi 26 mai à 9h.
Cet acte marque la fin du Football Professionnel à Mulhouse. Fin que l'on espère provisoire puiqu'il a été demandé au tribunal un plan de cession.

Dans l'attente du repreneur, nous espèrons que ce dernier jettera les bases d'un nouvel élan, d'un nouvelle structure, de nouveaux hommes pour la renaissance d'un football de haut niveau dans les prochaines années.